O município de Afuá está localizado ao norte do Marajó, na Microrregião dos Furos de Breves, limitando–se ao norte com a Ilha Caviana, ao nordeste com o município de Chaves, ao sul com os municípios de Anajás e Breves, ao sudeste com o município de Anajás, ao sudoeste com os municípios de Breves e Gurupá leste com o município de Chaves e a oeste e noroeste com o Estado do Amapá. Coordenadas geográficas 00º 09’ 04” de Latitude Sul e 50º 23’ 15” de Longitude Oeste de Gr.
O solo do município é representado principalmente pelos solos Gley Eutróficos e Distróficos; solos Hidromórficos indiscriminados Eutróficos e Distróficos; Latossolo Amarelo Distrófico textura média indiscriminada; areias quartzosa distróficas e relevo plano em associações. No município, é predominante a vegetação de florestas de Várzea com presença de espécies Latifoliadas (folhas largas), como a virola, a andiroba, o anani, a pracuúba, pau mulato, macacaúba, entre outras, intercaladas por palmeiras, como o açaí, o buriti (miriti), o babaçú e o murumuru. A alteração de cobertura vegetal utilizando as observações de imagens LANDSAT-TM do ano de 1986, resultou apenas em 1,40%, porém, há exploração intensa das espécies de maior valor econômico pelo setor madereiro.
A topografia do município apresenta variações altimétricas inexpressivas tanto que a altitude da sede é de 8 metros. A estrutura geológica se apresenta com grande homogeneidade pois se constitui de sedimentos quaternários subatuais, daí se depreende a simplicidade de seu relevo constituídos por terraços (tesos) e várzeas, com estas últimas, notadamente representadas pelas ilhas aluviais. Morfoestruturalmente se insere na unidade que corresponde a Planice Amazônica.
O município de Afuá tem como principal aspecto hidrográfico a Baia do Vieira Grande no centro do município, ao redor da qual, se circunscrevem várias ilhas e furos sendo as maiores: a Ilha Queimada e da Serraria ao noroeste; a Ilha Charapucu ao sudeste; os Furos Baturité, Pracuúba e do Moura, com os dois últimos limitando ao Oeste com Gurupá.
O Canal do Norte, separa o município de Afuá do Estado do Amapá; a nordeste, o canal do Juruparí serve de limite parcial entre Afuá e Chaves; o Rio Anajás e o furo Acará Pereira fazem limites com o município de Breves no extremo sudeste de seu território, outro rio ou furo importante é o de Charapucu, que circunda praticamente toda a Ilha homônima, partindo da Baia de Vieira Grande interligando-se com os rios Cajarí e Afuá que banha a sede do município.
Fazendo parte do Equatorial úmido, o clima do município apresenta todas as características inerentes a esse clima: amplitude térmica mínima, temperatura média em torno de 27ºC, mínima de 18ºC e máxima de 36ºC, umidade elevada a pluviosidade, nos seis primeiros meses do ano. Nesses meses mais chuvosos, ocorrem as menores temperaturas, enquanto que nos últimos seis meses, ocorrem as temperaturas mais elevadas.
